Еще год назад животные из Нью-Йоркского зоопарка оказались на Мадагаскаре. Они приспособились к местной жизни и пытались найти способ выбраться с острова, чтобы вернуться домой. Мелман, Марти, Глория и Алекс при помощи пингвинов смогли собрать летательный аппарат из старого самолета, изоленты и обломков корабля. Как только капрал сказал, что все готово к отлету, животные отправились домой. Но долететь до Нью-Йорка им не удалось. Самолет терпит крушение в Африке, где Алексу удалось узнать кое-что о своем прошлом. А его друзья стали еще ближе к природе и поняли, кем они являются на самом деле.