Донателло, Микеланджело, Рафаэль и Леонардо – четверка отважных черепашек-ниндзя, созданных благодаря особому мутагену. Победив Шреддера они продолжают охранят простых жителей Нью-Йорка. Но сейчас им придется столкнуться с двумя врагами одновременно. Шреддер возвращается с новым коварным планом – он хочет создать своих мутантов и отомстить черепашкам. Его подручный, ученый Бакстер Стокман, использует для процесса мутации помощников Шреддера – панков Бибопа и Рокстеди, превращая их в человекоподобных носорога и кабана. Другая опасность исходит от появившихся в небе над городом инопланетных кораблей, проникших на Землю через открывшийся портал.